Transcritómica de Doença

Somos um grupo de investigadores que aplica principalmente abordagens computacionais, particularmente aquelas que envolvem a análise de grandes dados genómicos e transcriptómicos, a questões fundamentais na investigação biomédica. Estamos interessados nos sistemas de regulação transcricional subjacentes à especificação das células de mamíferos, frequentemente perturbados em doenças.

O nosso objetivo é compreender como as alterações ao nível do RNA (transcrição, splicing, etc.) em tecidos humanos aumentam a propensão para doenças, nomeadamente cancro, doenças neurodegenerativas e outras patologias relacionadas com o envelhecimento.

Pretendemos identificar alvos moleculares para exploração funcional in vitro e in vivo. Também combinamos dados moleculares e clínicos para revelar novos candidatos a fatores prognósticos e alvos terapêuticos. Concomitantemente, desenvolvemos ferramentas de bioinformática para auxiliar cientistas não computacionais nas suas análises de dados transcritómicos.

Coordenamos o BIOMICS, um projeto de geminação Twinning financiado pela União Europeia com o objetivo de «Promover a Excelência na Investigação, Formação e Inovação em Ciência de Dados Biomédicos».

Projetos

Horizonte Europa Twinning – BIOMICS: Promover a Excelência na Investigação, Formação e Inovação em Ciência de Dados Biomédicos | 01/10/24 – 30/09/27
Saber mais aqui.
Horizonte Europa – EvoMG-DN: Rede Doutoral em Genómica Médica Evolutiva | 01/01/26 – 31/12/29
Saber mais aqui.

Publicações

Jardim C, Bica M, Reis-Sobreiro M, Teixeira da Mota A, Lopes R, Pinto MF, Sousa NS, Mensurado S, Boekhoff H, Scolaro T, Reugebrink M, Goncalves-Sousa N, Kubo H, Gomes CM, Brito C, Argüello RJ, Leites EP, Morais VA, Silva-Santos B, Barbosa-Morais NL, Serre K. Sustained Macrophage Reprogramming Is Required for CD8+ T cell-Dependent Long-Term Tumor Eradication. Cancer Immunol Res. 2025 Aug 1;13(8):1207-1225. doi: 10.1158/2326-6066.CIR-24-0797.
Schneider AL, Martins-Silva R, Kaizeler A, Saraiva-Agostinho N, Barbosa-Morais NL. voyAGEr, a free web interface for the analysis of age-related gene expression alterations in human tissues. Elife. 2024 Mar 28;12:RP88623. doi: 10.7554/eLife.88623.
Ascensão-Ferreira M, Martins-Silva R, Saraiva-Agostinho N, Barbosa-Morais NL. betAS: intuitive analysis and visualization of differential alternative splicing using beta distributions. RNA. 2024 Mar 18;30(4):337-353. doi: 10.1261/rna.079764.123.
Bordone MC, Barbosa-Morais NL. Unraveling Targetable Systemic and Cell-Type-Specific Molecular Phenotypes of Alzheimer's and Parkinson's Brains With Digital Cytometry. Front Neurosci. 2020 Dec 9;14:607215. doi: 10.3389/fnins.2020.607215.
Rathore OS, Silva RD, Ascensão-Ferreira M, Matos R, Carvalho C, Marques B, Tiago MN, Prudêncio P, Andrade RP, Roignant JY, Barbosa-Morais NL, Martinho RG. NineTeen Complex-subunit Salsa is required for efficient splicing of a subset of introns and dorsal-ventral patterning. RNA. 2020 Dec;26(12):1935-1956. doi: 10.1261/rna.077446.120.
Munkley J, Li L, Krishnan SRG, Hysenaj G, Scott E, Dalgliesh C, Oo HZ, Maia TM, Cheung K, Ehrmann I, Livermore KE, Zielinska H, Thompson O, Knight B, McCullagh P, McGrath J, Crundwell M, Harries LW, Daugaard M, Cockell S, Barbosa-Morais NL, Oltean S, Elliott DJ. Androgen-regulated transcription of ESRP2 drives alternative splicing patterns in prostate cancer. Elife. 2019 Sep 3;8:e47678. doi: 10.7554/eLife.47678.
de Almeida BP, Vieira AF, Paredes J, Bettencourt-Dias M, Barbosa-Morais NL. Pan-cancer association of a centrosome amplification gene expression signature with genomic alterations and clinical outcome. PLoS Comput Biol. 2019 Mar 11;15(3):e1006832. doi: 10.1371/journal.pcbi.1006832.
Saraiva-Agostinho N, Barbosa-Morais NL. psichomics: graphical application for alternative splicing quantification and analysis. Nucleic Acids Res. 2019 Jan 25;47(2):e7. doi: 10.1093/nar/gky888.

Prémios e Distinções

2026: Bolsa de Investigação em Oncologia, Liga Portuguesa Contra o Cancro - Núcleo Regional Sul / Fundação Benfica [Francisca Xara-Brasil e Nuno B. Morais]
2026: Melhor apresentação de Poster por estudante de 4º ano, Encontro de Estudantes de Doutoramento CAML & GIMM [Rita M. Silva]
2024: Prémio Científico Universidade de Lisboa /Caixa Geral de Depósitos – Ciências Biomédicas [Nuno B. Morais]
2023: Melhor Poster Gráfico, XVI Encontro de Estudantes de Doutoramento CAML [Rita M. Silva]
2022: Melhor apresentação Oral por estudante de 1º ano, XV Encontro de Estudantes de Doutoramento CAML [Rita M. Silva]
2022: Prémio de Melhor Tese de Mestrado, Instituto de Medicina Molecular João Lobo Antunes [Rita M. Silva]
2015-2021: Bolsa de Instalação EMBO (Organização Europeia de Biologia Molecular) Installation Grant [Nuno B. Morais]