O RISE baseia-se em 5 Linhas Temáticas (LT) inter-relacionadas. As primeiras três linhas temáticas (TL1-TL3) centram-se na investigação pré-clínica, clínica e translacional numa vasta gama de doenças relevantes, articulando-se com as restantes duas linhas temáticas (TL4 e TL5), que centram a sua investigação na forma de melhorar os cuidados de saúde e de abordar importantes desafios societais no domínio da saúde, incorporando as provas científicas mais adequadas:
TL1 - Investigação Clínica e Translacional em Ciências Cardiovasculares
TL2 - Investigação Clínica e Translacional em Oncologia
TL3 - Investigação clínica e translacional em doenças inflamatórias e degenerativas
TL4 - Política, tecnologia e transformação digital dos cuidados de saúde
TL5 - Saúde Comunitária e Desafios Societais